創(chuàng)新藥物靶點發(fā)現(xiàn)Innovative drug target discovery
技術平臺
科絡思生物開發(fā)了基于光親和探針的化學蛋白質組學靶點鑒定技術平臺。該技術平臺能夠在活細胞中捕獲小分子-蛋白質之間的動態(tài)結合，并實現(xiàn)分離富集，在組學水平全面鑒定非共價小分子藥物直接作用靶點。
基于光親和探針的化學蛋白質組學靶點鑒定技術平臺包括探針設計合成，探針活性評估，探針標記，標記蛋白質富集分離，蛋白質組樣品制備，液質聯(lián)用高分辨質譜數(shù)據(jù)采集和數(shù)據(jù)分析等多個關鍵環(huán)節(jié)。非共價小分子藥物種類繁多，包括但不限于化學合成藥物、中藥單體、天然產(chǎn)物及其衍生物、內源性代謝物等。一般情況下，可將非共價小分子藥物改造成具有相似生物活性的光親和化學探針。當探針進入細胞并和靶點結合后，利用原位快速光交聯(lián)技術，在活細胞中即可將非共價動態(tài)相互作用轉化為穩(wěn)定共價相互作用。隨后，借助于生物正交反應，探針結合蛋白即可被選擇性分離富集，從而實現(xiàn)對低豐度靶點蛋白質的鑒定。再結合空白組，非交聯(lián)組，原藥競爭組等實驗設置，即可全面準確的定量檢測非共價小分子藥物的靶點蛋白，解析作用機制，發(fā)現(xiàn)新的潛在靶點，為藥物研發(fā)提供更為豐富和準確的信息。
服務內容
案例展示
案例介紹：在新藥篩選過程中，基于細胞活力篩選技術，發(fā)現(xiàn)化合物A對目標細胞有顯著抑制作用，為了從分子層面深入鑒定其靶點蛋白質及解析機制，并發(fā)掘潛在新靶標。我司針對化合物A的結構和活性特性，設計合成光親和探針Probe A（含光交聯(lián)與生物正交基團）。利用化學蛋白質組學技術平臺，在活性相關的細胞系中運用熒光標記法和質譜技術進行靶點蛋白鑒定。結合生物信息學分析手段，深入探究化合物A的作用機制及其相關的新靶標蛋白。
數(shù)據(jù)展示：基于熒光膠分析的標記實驗，Probe A能夠有效標記蛋白質，且標記信號能夠被化合物A顯著競爭，表明Probe A與化合物A靶點覆蓋度類似，能夠用做化學探針工具，進行后續(xù)靶點發(fā)現(xiàn)。
Volcano plot 展示Probe A vs DMSO （Direct）實驗中，114個蛋白質（上圖紅色標注）被Probe A探針顯著性富集； Probe A vs (A+Probe A) (Competition) 實驗中， 38個蛋白質（下圖紅色標注）被Probe A標記且被原始化合物A顯著性競爭；兩組實驗產(chǎn)生32個高置信度A結合蛋白質。（n = 3, ratio ≥2，p-value ≤ 0.05 ）。對32個高置信度A結合蛋白質進行GO_Biological pathway分析，候選蛋白質顯著富集在phospholipid efflux, negative regulation of lipase activity, regulation of sterol transport等信號通路中，與表型吻合。
