創(chuàng)新藥物靶點發(fā)現(xiàn)Innovative drug target discovery
技術(shù)平臺
科絡(luò)思生物開發(fā)了基于光親和探針的化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)靶點鑒定技術(shù)平臺。該技術(shù)平臺能夠在活細胞中捕獲小分子-蛋白質(zhì)之間的動態(tài)結(jié)合，并實現(xiàn)分離富集，在組學(xué)水平全面鑒定非共價小分子藥物直接作用靶點。
基于光親和探針的化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)靶點鑒定技術(shù)平臺包括探針設(shè)計合成，探針活性評估，探針標記，標記蛋白質(zhì)富集分離，蛋白質(zhì)組樣品制備，液質(zhì)聯(lián)用高分辨質(zhì)譜數(shù)據(jù)采集和數(shù)據(jù)分析等多個關(guān)鍵環(huán)節(jié)。非共價小分子藥物種類繁多，包括但不限于化學(xué)合成藥物、中藥單體、天然產(chǎn)物及其衍生物、內(nèi)源性代謝物等。一般情況下，可將非共價小分子藥物改造成具有相似生物活性的光親和化學(xué)探針。當探針進入細胞并和靶點結(jié)合后，利用原位快速光交聯(lián)技術(shù)，在活細胞中即可將非共價動態(tài)相互作用轉(zhuǎn)化為穩(wěn)定共價相互作用。隨后，借助于生物正交反應(yīng)，探針結(jié)合蛋白即可被選擇性分離富集，從而實現(xiàn)對低豐度靶點蛋白質(zhì)的鑒定。再結(jié)合空白組，非交聯(lián)組，原藥競爭組等實驗設(shè)置，即可全面準確的定量檢測非共價小分子藥物的靶點蛋白，解析作用機制，發(fā)現(xiàn)新的潛在靶點，為藥物研發(fā)提供更為豐富和準確的信息。
服務(wù)內(nèi)容
案例展示
案例介紹：在新藥篩選過程中，基于細胞活力篩選技術(shù)，發(fā)現(xiàn)化合物A對目標細胞有顯著抑制作用，為了從分子層面深入鑒定其靶點蛋白質(zhì)及解析機制，并發(fā)掘潛在新靶標。我司針對化合物A的結(jié)構(gòu)和活性特性，設(shè)計合成光親和探針Probe A（含光交聯(lián)與生物正交基團）。利用化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)平臺，在活性相關(guān)的細胞系中運用熒光標記法和質(zhì)譜技術(shù)進行靶點蛋白鑒定。結(jié)合生物信息學(xué)分析手段，深入探究化合物A的作用機制及其相關(guān)的新靶標蛋白。
數(shù)據(jù)展示：基于熒光膠分析的標記實驗，Probe A能夠有效標記蛋白質(zhì)，且標記信號能夠被化合物A顯著競爭，表明Probe A與化合物A靶點覆蓋度類似，能夠用做化學(xué)探針工具，進行后續(xù)靶點發(fā)現(xiàn)。
Volcano plot 展示Probe A vs DMSO （Direct）實驗中，114個蛋白質(zhì)（上圖紅色標注）被Probe A探針顯著性富集； Probe A vs (A+Probe A) (Competition) 實驗中， 38個蛋白質(zhì)（下圖紅色標注）被Probe A標記且被原始化合物A顯著性競爭；兩組實驗產(chǎn)生32個高置信度A結(jié)合蛋白質(zhì)。（n = 3, ratio ≥2，p-value ≤ 0.05 ）。對32個高置信度A結(jié)合蛋白質(zhì)進行GO_Biological pathway分析，候選蛋白質(zhì)顯著富集在phospholipid efflux, negative regulation of lipase activity, regulation of sterol transport等信號通路中，與表型吻合。
